Para crear un zip es relativamente sencillo (hasta donde yo sé que no es mucho) basta con comprimir la carpeta META-INF y luego la aplicación que quieras dentro de la ruta donde va a ir instalada. Una aplicación se puede instalar manualmente desde exploradores como Astro, ES File Explorer, etc. Por tanto el zip lo utilizas para flashear el framework, htc-resources, kernel, etc.
El caso que comentas del google maps no se puede instalar porque, según he leido, al tener instalado el" Brut Google Maps", te crea un nuevo usuario que no permite la instalación del google maps. Esto no quiere decir que no se pueda hacer, lo que pasa es que hay que hacer algún paso más de lo habitual y "engañar" al teléfono para así poder desinstalar manualmente desde Ajustes-->Aplicaciones y poder instalar el nuevo. Yo lo he hecho con el "Es File Explorer" y luego he instalado desde el market sin problemas, al igual que podría haberlo instalado de forma manual si hubiera tenido descargada la aplicación.