Si los mkv tienen codec de vídeo h.264 deberían dar muy poco trabajo de CPU ya que es el codec que soporta CC, plexmediaserver solo cambia el contenedor al vuelo automáticamente y eso son pocos recursos. En mi caso con un Intel Atom dual core a 1.6 GHz con la mayoría de mkv's no tengo problemas, pero a diferencia que tu yo los envío al CC con la app de Android.
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