Raro raro raro de veras. Si le das al home y se conecta el mobil con el pc no deberia de pasar nada de lo que te pasa, a no ser que... los drivers no esten bien instalados y afecte al funcionamiento.
NO pasa nada por sacar la sd y copiar la rom desde el pc. Si que se aconseja porque el proceso es mas limpio. Yo te recomendaria los tres primeros wipes, formateo y tres particiones de sd, apagar telefono, sacar microsd, copiar rom, meter microsd, arrancar en modo recovery mediante botones y instalar la rom (nunca lo hice asi, pero tiene que funcionar).