A mi en ocasiones me ocurre (uso conexión Wifi).
En estos casos, simplemente reinicio las 2 aplicaciones (la del móvil y la del PC) y suele conectarse a la primera.
Por cierto, es una aplicación genial y encima gratuita.
Además su creador responde personalmente en el foro oficial a las preguntas planteadas.
Hace tiempo uso esta aplicación para sincronizar 2 móviles diferentes con Outlook 2007
(agenda, contactos, notas, ...) y sincronizar carpetas concretas.