Si claro te saltaran las actualizaciones via ota o kies pero si lo haces pir alguna esas vias pierdes root, pero si descargas la rom a la que quieras actualizar, la metes en la memoria del terminal da igual interna o extsd y actualizas mediante mobile odin pro, la ultima version y marcas las opciones inject supersu y demas como esta explicado en el tutorial habras actualizado con knox tal cual y seguiras siendo root y con estado oficial...