Un error que he notado y a sido desde el kernel suguro para kit-kat ( raw_kernel_r4_j43 ), es que haciendo el Format preload siempre me arroja error, y por eso siguen quedando rastros de las anteriores instalaciones en otra Rom, así que eso puede que también te este pasando, y por eso se queden rastros que ensucien por muy limpia que queramos hacer la instalación para Kit-Kat.