No habiendo usado ninguno, antes que el AndEngine miraría LibGDX, mucho más actualizado y eficiente en Android. Los conceptos siguen siendo los mismos y además te permite portar a HTML5/WebGL e incluso -esto está en pañales- a iOS (ahora quizá no te valga, pero quizá en unos meses o un año te ahorras tener que mantener dos desarrollos de la misma app).
Espero que nos vayas contando la experiencia y qué camino eliges...