Pues yo te aconsejo tener solo uno de los dos. No he probado a tener los dos.
Te comento: El mismo kernel ya te hace el OC, por eso algunos kernels no funcionan bien en algunas heros, o van peor. Si no tienes el "Set On Boot" entonces cualquier cambio que hagas sobre el OC (en setCPU o CPUSpeed) no seguiras conservandolo cuando apagues el móvil.
Y si no haces ningun cambio de OC, entonces el setCPU o el CPUSpedd tan solo lo tenemos para información, nada más.