Yo creo que este videotutorial está muy bien..
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=575972
Tendrías que mirar si existe alguna versión nueva de Flashtool y también buscar la stock rom que quieras ( ahí hay varias)
Si quieres root, como desde la 101 no se puede directamente, yo lo que haría es poner un firmware libre 4.2 por ejemplo la Generic ES 1270-6697, rootear con Kingo (más fácil) o con el método Doomlord (más tradicional) y luego actualizar via OTA a ésta .101 que tenemos..que te conservaría el root si va bien
Recuerda,como te han dicho,que si usas Flashtool debes desmarcas los Wipes para no perder nada de datos,aplicaciones..aunque se aconseja hacerlo con estos marcados para que sea más limpio el flasheo..