Supongo que te refieres a SDK. Si conseguiste rootear la magic, los drivers tienen que estar bien... Pero prueba de volver a intalarlos.
Entras sin problemas en C\sdk\tools? O te sale algún error?
Y si no te sale ningún error, cuando entras los comandos:
boot.img
cache.img
data.img
misc.img
recovery.img
system.img
fastboot erase boot
fastboot erase cache
fastboot erase recovery
fastboot erase system
fastboot erase userdata
fastboot flash boot boot.img
fastboot flash recovery recovery.img
fastboot flash system system.img
fastboot flash userdata data.img
fastboot reboot
¿TE MARCAN ERRORES?