A mi me pasa lo mismo que a ti, de linux voy justito, si lo recordase de memoria ya te lo habría dicho.
Básicamente lo que sucede es que 'system' está montado como 'solo lectura', no lo puedes modificar a no ser que montes como lectura escritura. Esto se puede hacer desde adb con 'adb remount', o bien si entras a la consola de linux y eres root con 'mount', espera que lo busco .... ya:
http://android-tricks.blogspot.com/2...ead-write.html
Por cierto: si queires el reloj+alarma de serie en froyo, modificado por mí, puedes bajarlo del market buscando 'reloj+alarma'. Si no tienes froyo, puedes bajar 'reloj solo' y 'alarma solo' (dos descargas). Basado en los fuentes del reloj y alarma original froyo, con algunas cosas añadidas que los hacen más divertidos. Puedes instalarlos normalmente desde el market y pueden convivir con los originales.
