el kernel Blackhawk es el que no permite hacer un backup, el firekernel sin problemas
pero si te refieres a restaurar un backup de una rom stock entonces no se podrá, tengo entendido que cm cambia el tipo de sistema
algo así, no recuerdo muy bien
y puede que funcione lo del titanium, pero no lo veo aconsejable, al menos lo que yo haría es restaurar SD-EXT
se me hace más rápido
el format y particion de la tarjeta SD hazlo desde el PC con alguna herramienta, partition magic por ejemplo, para que asegures de que solo tendrás dos particiones, la ext y la fat32
aunque... son necesarios los datos de tus aplicaciones? mejor a iniciar de cero, no te tomará mucho tiempo, con un explorador root pasa los .apk a tu SD, si son bajadas del play store se quedan en Data/app