Lo que puedes efectuar es eliminar el root e instalar el recovery stock, si no quieres hacer esto (lo cual tampoco efectue) , puedes instalar el firmware libre basado en Kitkat 4.4.2 (One_4.19.401.11) , en mi caso use la version Odexed y la instale via TWRP 2.7.0.0
http://android-revolution-hd.blogspo...-site-var.html
Como podras ver en la imagen que adjunto, mi equipo posee hboot 1.56 ,es S-ON , ademas venia de fabrica con Kitkat personalizado por compañia, asi que le instale un firmware libre
Antes realize un respaldo del firmware mediante twrp, luego la instale y configure mi equipo, finalmente quede con el ultimo firmware stock unbranded, le instale Su 1.94 mediante twrp sin problemas, ademas he ido usando algunos modulos de xposed para ir personalizando a mi antojo
Saludos Rodrigo