Wipe data: borra toda la info de la rom y la deja sin datos de usuario
Wipe factory: no existe (supongo que lo confundiste con el de arriba)
Wipe cache partition: borra solo la caché del sistema.
Te faltó un wipe de "los tres" y es Wipe Dalvik cache, que borra la caché de la maquina virtual e indexa las apps de nuevo.
Hacer un restablecimiento de fabrica es precisamente dejarlo de fábrica, y de fabrica viene sin ningún dato de usuario.
El único wipe que te borra todo es el Wipe data, los otros los puedes hacer sin miedo (el dalvik solo te saldrá en un recovery modificado)
Un saludo