Para que te vaya todo solo con la jelly bean 4.1.2 que es la oficial, las hay custom muy buenas, si te sales de esa versión en el galaxy note no te va a ir ni las funciones del s-pen ni el hdmi como comentas con el adaptador.
Ahora como te dicen hay aplicaciones que funcionan con el s-pen pero las funciones propias las perderas al igual que el sacar por hdmi la imagen y el audio con el adaptador.