A mi me ha pasado lo mismo quedándose en 14% al usar la de 3000mAh, lo que ocurre es que al utilizar dos baterías diferentes, el marcador numérico (%) no queda bien calibrado y (al menos a mí) se me gasta de igual forma la de 2000 que la de 3000mAh, solo que la de 3000, al llegar al 14% se me queda estática durante mucho tiempo (hasta 2 o 3 horas usandolo normalmente) hasta que empieza a bajar de nuevo.
Te sugiero que saques la batería, esperes un rato, pongas la de 3000 y lo uses normalmente hasta que baje al 49% y así hasta el 0...
De momento no he encontrado ninguna solución para calibrar el marcador de batería teniendo dos baterías de diferente capacidad...