A ver un telefono con android es un conjunto de electronica bastante ponente, pero de ahi a poder usarlo para lo que queramos sin modificar el sistema operativo olvidate, mira la que lian para hacer el USB como host... ademas lo dicho android NO permite un uso a tan bajo nivel del USB, por lo que si el sistema lo permite cosa que dudo mucho (se que no lo permite a ciencia cierta al menos el 2.2) habria que hacerlo con el NDK con lo que ya no podrias subir la app al market y tendrias que hacer una por cada tipo de micro de cada tipo de movil con android y por cada kernel (vamos compilaciones reales y no java que despues va a interpretar el JIT)