Yo creo que no tienes manera satisfactoria de solucionarlo. Lo único que se me ocurre es que en propiedades de la escena selecciones mostrar como actividad en la accion mostrar como actividad a pantalla completa o quizas a ventana completa. Pero creo que ni aún así.
Soluciones INsatisfactorias:
1- Convertirlo en APK.
2- Si en propiedades pones que muestre como actividad veras que dispones de una pestaña "TECLAS" hay le puedes decir lo que quieres que haga cuando pulsas una tecla como BACK o MENU. Incluso que se queden inoperativas.
3- Con lo del punto 2 puedes hacer una cosa: dejar que cumplan su función PERO crear una pequeña escena flotante cada vez que se aprieten cualquiera de las teclas que mencionas. Puede ser tan pequeña como quieras y transparente de manera que no moleste y la puedas colocar donde quieras. Luego cuando se pulse vuelve a mostrar la escena que te ha desaparecido. Esta escena tiene que ser si no me equivoco del tipo superpuesta bloqueada de manera que vayas donde vayas el icono o lo que muestres seguirá ahi hasta que por ejemplo le des a en la escena "grande" a salir.
P.D: siento no haberte podido responder antes pero el GSM me trae de cabeza. Cualquier cosa ya sabes... a tu disposición.