para pasar de una nigthly a otra con que hagas wipes de cache y dalvik vale, y si, el proceso es el mismo que si la flasheas de primeras.
De todas formas yo las nightly si actualizo lo hago desde el CMUpdater que te hace todo directamente y no te tienes que preocupar de nada, se descarga, le das a instalar, reinicia, hace los wipes, flashea y te devuelve al sistema, yo de momento no he tenido problemas con este metodo.