A que se debe no lo se
Pero para solucionarlo, en la CMLMod1.5 ya lo tengo apañado, es modificar en el arranque un script(que no existe en las rom originales salvo que pongas app2sd con el nuevo recovery que he posteado) install-recovery.sh, que está en /system/etc
Sólo hay que ponerlo con ésto, y lo tenemos ondemand y consumiendo muyyy poquito si el móvil está en reposo.
#!/system/bin/sh
echo "ondemand" > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor
echo "600000" > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_max_freq
echo "122880" > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_min_freq
La solución está y dejas de necesitar setcpu

PEro pronto liberaré la CMLMod 1.5, ya tengo casi todo. liberaré una versión inicial en formato nb0(si instalable desde RUT) basada en la gsmart, con dos temas a elegir.. una app CMLMod para gestionar algunas cosillas, con recovery modificado para app2sd y particionamiento... a 600mhz
y algunas modificaciones más :P
Sólo me falta terminar una cosilla de la app cmlmod1.5 y ya la libero puede que ésta semana.
En fin.. todo este rollo para que sepas que si se te hace lioso ponerlo ondemand, que pronto puedes tenerlo automático.
Salu2.
PDT: si usas la 1.6 te tocará modificar lo que te comenté arriba