No sé exactamente cuál será tu problema, en mi caso con Windows 8 me dan bastante guerra los drivers de HTC y no puedo usar el All-in-one kit.
Mi consejo es que, si ya has desbloqueado el bootloader y has instalado un recovery, te olvides del kit para siempre y hagas las cosas a mano. Con esto quiero decir que aprendas a usar el recovery a fondo (o al menos, las cuatro cosas básicas: hacer y recuperar backups, hacer wipes e instalar ROMs) y que luego flashees el kernel por línea de comandos.
Échale un ojo a
este tutorial que escribí hace unos días... está centrado en la instalación de la rom CM11, pero el proceso es prácticamente el mismo para otra rom que prefieras (bueno, salvo que haya alguna diferencia con las oficiales/Sense, ahí no estoy 100% seguro).
Si ya has instalado la rom y solo te falta flashear el kernel, lo que tienes que hacer es ponerlo en modo fastboot y usar el comando
fastboot flash boot tal y como comento en el tutorial. Prueba eso a ver si funciona. Si no, prueba a repetir todo el proceso de instalación. Si aún así no te funciona, dilo aquí o en el hilo de tu rom y tratamos de ver qué ocurre.
Suerte!!