Eso pasa con este terminal y con todos en general. Cuando te vas quedando sin bateria notaras como te baja el brillo de pantalla, el procesador rinde menos para no aumentar el consumo, la grafica igual, y da como resultado un sistema un poco mas lento.
El problema de que lo notes tanto es que si estas con la Stock o con rom basada en stock, lleva un soft bastante pesado y, unido a que la gestion de la ram no esta funcionando como deberia, el SP llega justo.
La otra explicacion de el por qué a medida que usas el terminal te va mas fluido es muy simple. Al principio el sistema va creando los archivos y carpetas de configuracion (preferencias de uso) de cada app que estas ejecutando, va cargando la dalvik, creando caches de imagenes, etc,etc. Todo esto, por el uso, ya no tiene que volver a hacerlo y como resultado notas mas rapidez y fluidez en el sistema. Pero llegara un momento en que todo se volvera contra ti
y tendras que borrar la cache de la particion y la dalvik para corregir errores de sistema que se producen por el uso diario.
En fin... Android