Si aún tienes ese backup y quieres restaurarlo para solucionar el error "md5" sólamente tienes que borrar los espacios en el nombre que le pusiste a la carpeta del backup. Esto suele pasar por eso.
Si quisieras instalar el firmware stock, o el soft como tu le llamas y no quieres perder la info de las apps y las partidas de los juegos, pues como eres root utiliza el titanium backup para copiarlas y tendrás las copias en la sd en la carpeta del titanium backup. Cuando lo tengas nuevo lo vuelves a rotear, instalas de nuevo el titanium backup y vuelves a restaurar las apps y sus datos además de los juegos con las partidas con tus progresos. Esto se puede hacer perféctamente.
Lo del bluetooth con un firm stock es raro que pase eso que comentas, se supone que se queda como nuevo. Otra cosa sería que fuera una rom cocinada que si tienen a veces bugs de ese tipo, pero por aquí hay roms que van muy bien con todo.
Tengo una duda que puede ser de donde viene tu problema, dices que estas en 562. Pero tu tienes un neo a secas ¿no?. ¿Esto del 562 es porque le cambiaste el kernel a 562 para rotearlo y luego no le volviste a meter el kernel stock 587?. Puede ser que los problemas te vengan por eso y no sea nada de un brick. Simplemente tendrías que meterle el kernel stock 587.
De todas maneras si flashearas a MT15i 4.1.B.0.587 global ftf tendrías el movil nuevo sin ningún problema de BT ni nada. Luego lo roteas de nuevo con root en un click y ya está.