Si las tienes en la SD, tienes que ver con que ROM y a través de que sistema lo has hecho si con el Apss2SD o el Interno de Froyo. Si es con el Interno de Froyo no te queda otra que instalar las aplicaciones con widgets en el sistema.
Si lo quieres bien instalado, deberías de tener hecha la partición ext3 y utilizar los programas adecuados para la instalación en esa parte de la SD.
Al que las ha colocado sin SD, prueba a reiniciar el Launcher (si tienes el ADW o similar) despues de cada reinicio o apagado.
Salu2