Ah, pues si ese programa utiliza el barómetro para medir o corregir la altitud puede ser. En todo caso, ya te digo que no me parece muy lógico porque la presión varía de un día para otro en la misma altitud (y en un par de horas también)
Prueba a comparar por ejemplo la altitud que te marca la app GPS Status con la que te da oruxmaps con y sin el barómetro.
A mi ahora mismo el htc desire s me marca bien la altitud y no tiene barómetro