Gracias por la respuesta, esa era mi idea, meter la rom entera.
He estado leyendo un poco, y en el hilo
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=126305 nuestro amigo
miztwo ha hecho una guia que me vendra que ni pintada para lo que quiero hacer

Porque me ha resuelto casi todas las dudas.
Que hago con la sd, formateo la 2º parte, formateo todo, o como lo hago para no tener problemas?
Y ya puestos a que me he enterao que se pierde todo, a ver si me decis que aplicacion usais para hacer vuestros backup's.
Saludos