No hay ningún problema en actualizar con la BIOS de la web y el WinFlash. Actualizar mediante Asus Live Update no aporta ninguna seguridad extra, ya que hace lo mismo que con el WinFlash. Solo que si sueles mirar la web de descargas y la encuentras antes de que salga en el Live, pues serás de los primeros. Eso sí, puede ser que se les olvide de publicar alguna actualización, a la vista está.
Si la BIOS fuera beta (cosa que hace mucho Asus cuando está retirando el soporte a un producto), sí que sería algo inseguro, pero lo sería tanto actualizando por un método o por el otro.