Ya se como solucionarlo. Es de la siguiente manera.

Sin editar nada del sistema.

Instalar recovery custom (el que querais)
Instalar root
Con un explorador root ir a /CACHE y sacar la actualizacion, colocarla en la /SDCARD.
Instalar el recovery stock
Apretar volumen + y boton encender cuando no salgan comandos
Instalar el update.zip y selecionar la actualizacion puesta en la /SDCARD

Listo, ya tienes tu terminal actualizado, sin perder el root. Si no volveis a poner el recovery custom y dejais el stock, cada vez que recibiis una actu via OTA, se instalara sin complicaciones y con el root.

Termino de testearlo y funciona perfecto. Si editais algo del sistema, la actualizacion se aborta.