En teoría nada. En TWRP puedes escoger qué particiones hacer backup y cuáles cargar después. Con CWM si no recuerdo mal no se mostraban las particiones MODEM ni EFS
Se supone que cuando te bajas una ROM, no contiene particiones EFS/MODEM/ etc que puedan machacar tu IMEI. Pero no está demás hacer backups por lo que pueda pasar.
De todas formas que yo sepa sigue sin haber ningún tutorial fiable. El método de este post creo que tampoco está confirmado, ya que en esos ficheros no parece estar contenido el IMEI y se ha dicho varias veces en XDA.
Recientemente apareció una aplicación que dice hacerlo correctamente. La info está en este post:
http://forum.xda-developers.com/show...66&postcount=4 y la apk se puede descargar desde el Play Store sólo para algunos paises. En España no aparece, pero en XDA la han compartido por dropbox:
https://www.dropbox.com/s/6jqkap0ti8...r%20S4-1.1.apk
Como viene siendo habitual, no nos hacemos responsables de lo que pueda suceder. Por mi parte la he probado y he hecho el proceso de backup, creándose los ficheros de las 4 particiones
El hecho de que funcione después con el proceso de Restore, en caso de ser realmente necesario, sigue siendo un misterio.