Prueba a mover aplicaciones a la SD con "MoveToSD" ya que automaticamente no se te instalará ninguna. Yo tambien he tenido problemas a instalar aplicaciones y han sido por que estaban dañados los sistemas de archivos FAT y EXT3 de la SD. Prueba con el qparted (ya que usas ubuntu) y verifica las particiones.
Antes de nada y por si acaso mejor que hagas un backup de los datos de la SD.
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