Aqui tenéis el método para aplicar zipaling a la stock rom 4.4.2 (no testado en otras versiones)
Éste es el enlace para el script que hace el zipalign
https://mega.co.nz/#!TIg2lKzZ!rYDtKw...4IC_L3gWM6FTqU
Y éste otro zip, que borra el script de arranque
https://mega.co.nz/#!OMYCGIzJ!ZNezhq...OyBnbKwlmbHQqs
Aunque se borre el script de arranque, el script que realiza zipalign sigue en el system pero no se ejecuta por lo que el teléfono volverá a arrancar rápidamente y tendrás zipalign tus apks.
Los pasos a seguir son los siguientes:
1- Flashea el Zipalign.zip.
2- Inicia el teléfono y espera 1 minuto a que cargue todo.
3- Reinicia en Modo Recovery.
4- Flashea el Disable Zipalign.zip.
5- Inicia el teléfono de nuevo y a disfrutar.
GRACIAS AL APOYO DE CHECUS