Si te refieres a los iconos de los accesos directos a las aplicaciones, creo que no se pueden cambiar. Coje por defecto el icono del .exe de la aplicación, y aqui ya depende del programador, que icono ha creado. También puede que haya alguna aplicación que dentro de su carpeta de instalación haya un archivo *.ico. Éste sí és un archivo de icono, entonces, de creas uno o lo bajas, le pones el mismo nombre y lo sustituyes.
Para cambiar los iconos del Manila mira este post
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=83377
Un saludo