1º ¿Es cierto que el Nexus One de Vodafone viene totalmente LIBRE?, es decir, sin publicidad, sin software adicional, sin modificar la ROM... ¿Es 100% Google?
Sí, no han dejado a Vodafone meter mano al firmware, así que te compras el mismo teléfono que si lo pillaras en una tienda libre 
2º Las actualizaciones las recibe vía OTA directamente de ¿Google? ¿HTC? ¿Vodafone?...
Directamente de Google. Es una ventaja con respecto al Desire, que tiene que esperar a que HTC saque la versión
3º ¿Los repositorios son directamente también de Google? Digo esto, porque me he dado cuenta que en mi HTC Tattoo, los repositorios vienen capados, no se si será un control de Vodafone, pero no encuentro ciertas aplicaciones que a lo mejor otra persona con otro Android (un G1) si encuentra y lo mismo ocurre al contrario.
Ya te han respondido. Hay aplicaciones que solo funcionan con versiones en concreto de android, pero no te preocupes que no están capados. Simplemente ves los que funcionan en tu telefono
4º Si cambio la ROM por una Cyanogen ¿ya no recibiré actualizaciones vía OTA? tengo entendido que al cambiar el bootloader se pierde tanto la garantía como las actualizaciones vía OTA, y esto lo veo un detalle importante y motivo para no cambiar la ROM.
En efecto, pierdes las actualizaciones vía OTA. Eso ya es algo que tienes que valorar por tí mismo, ya que las Rom alternativas mejoran bastante las oficiales de Google. Yo personalmente te recomiendo que cambies la ROM
Mi intención era la de hacer un backup completo cuando me llegue el Nexus One para tener una imagen de fábrica, pero claro, para esto necesito cambiar el bootloader para tener acceso root y meterle el recovery que me permite hacer un backup completo del teléfono así como poder cambiar de ROM con plena seguridad, pero claro, si cambiando el bootloader se pierde no ya la garantía, si no las actualizaciones vía OTA, deja de ser interesante. ¿Vosotros como lo hacéis? Porque entiendo que una Cyanogen no se actualiza vía OTA desde Google, pero la ROM original con un Recovery instalado tampoco ¿verdad?
Si no vas a cambiar la Rom como dices arriba siempre podrás restaurar los ajustes de fábrica por lo que no te haría falta. Si cambias el recovery tendras una utilidad en él que se llama nandroid backup que te permite hacer cuantas imágenes quieras de las distintas Roms, con aplicaciones instaladas incluidas