PC companion y flashtool no son parecidos. Pc Companion te descarga e instala la última actualización disponible para tu "carrier" (ej: Vodafone, Yoigo, libre española o europea, taiwanesa...), son como las versiones del sistema dependiendo del pais/zona. Flashtool es una herramienta que permite instalar CUALQUIER firmware (Oficial claro) pero de cualquier operador, y de cualquier versión (puedes volver a instalar 4.1 con él, por ejemplo). Flashtool BORRA TODOS LOS DATOS, Pc Companion no (excepto en reparar). Para usar Flashtool es necesario:
-El programa, ovbiamente, se encuentra facil googleando
-Un ftf de la versión que quieras instalar, es un archivo donde esta el sistema operativo empaquetado (Pc Companion lo descarga sin que te des cuenta, a Flashtool se lo tienes que dar tu), puede ser de cualquier pais o region, o de cualquier versión del sistema (puedes ponerle ya de paso la 199 más nueva, por ejemplo)
Mi suposición es que por algún motivo tienes una versión (ej: la de Yoigo) que por algun motivo tiene muchos bugs. Si bajas el ftf de la .199 europea por ejemplo no creo que te de más problemas (recuerda que se borra todo). Saludos y espero haberte ayudado.