Buenas,
Comienza modificando una app que no sea el framework-res.apk, porque es la parte mas importante del movil. Por ejemplo hazlo con el SystemUI.apk, que contiene las imagenes de la barra de estado, cambiale el color de las barras de cobertura y luego la compilas. La app compilada la sustituyes por la que está en /system/app/ y le das permisos rw-r--r--. Te diria de hacer un parche, lo podrias hacer cogiendo un parche cualquiera y copiando la app dentro de el con 7zip y sin descomprimir.
Recuerda que tienes que instalar el framework desde el apk multitool.
Descomilar me parece que es la opcion numero 9 y la de compilar como de sistema la 11. Cuando compiles te preguntara que si quieres conservar la firma, le das a yes (Y) y haces lo que te dijo @davidgl de copiar unos archivos a otra carpeta.
Comenta como te ha ido