Haces un respaldo con titanium backup, de tus aplicaciones y datos de ellas, después reinicias en cwm haces un factory reset, después un format/system e instalas la rom, haz un wipe dalvik cache por si acaso y reinicias.
Despues... obviamente restaurar las apps, Y LISTO! NO PERDERÁS LAS APLICACIONES NI TUS DATOS DE LA SD CARD
SALUDOS!
(Yo he cambiado de rom más de 5 veces seguidas
, y haciendo esto siempre tengo una instalación limpia y sin errores)