Bueno, me autorespondo.
Sí, era problema de particiones.
Por si a alguien le ocurre, hize un nandroid y con el ROM MANAGER cree nuevamente las particiones.
Creo que con un adaptador para el PC de la tarjeta SD hubiese sido más fácil, con cualquier programa para hacer particiones.
La cosa es que el ClockWorkMod no la formateaba realmente, será un fallo.
Saludos!!