No lo aconsejo, dado que las aplicaciones se instalan segun version dependiendo de la rom. Pongo un ejemplo no existente en este caso, pero similar: Android 4.4 Cyanogen - Aplicacion facebook 1.2.3. Android 4.4 Stock - Aplicacion facebook 1.2.4.

Al restaurar de una custom, a otra, como son cambios de sistema (otro tipo de software mejor o peor), alomejor cambia alguna aplicacion su version. Que pasa con esto, se podra instalar, claro que si, pero no se podra actualizar si sale una nueva version desde el play store, dado que la aplicacion no tiene la version que le pertenece a la rom.

Yo me lo imagino asi, dado que me ha pasado muchas veces, hacer este paso y saber que hay actualizaciones (mi novia tiene el mismo terminal y casi las mismas aplicaciones) y a ella saltarle una actualizacion tipo Clean Master y a mi no. En cambio, salta una actualizacion de Whatsapp y nos salta a los 2.

Puede ser que este equivocado, pero almenos desde que instale la Stock sin hacerle nada al mio, nos saltan las actualizaciones al mismo tiempo.