Te hago una similitud, cuando metes una Stock metes un firm nuevo en el movil, es cmo si metieras un SO en tu ordenador.
Las Rom cocinadas se aprovechan de la base del Firmware original, desechan lo que no les perece interesante, implementan lo que es mejor y les da mas operatividad, menos consumo etc, y añaden nuevas opciones.
Otra cosa son las Cyanogen, esas son en algunos casos Mods, y en otros S.O. propios con sus drivers y el resto propios de Cyanogen, a groso modo y muy resumido puede ser una mini explicación.
Adivino que tu pregunta va por los wipes, si partimos de algo que queremos limpio de cero los wipes son necesarios, si antes hemos tenido "algo" corriendo por el movil que a la larga y a la corta esos datos los asumira el movil, pues son datos que tarde o temprano el nuevo Firm va a buscarlos, y si no los encuentra ......
