yo lo tengo como MTP y me pasa exactamente lo mismo
en mi caso ha ocurrido con el titanium backup, creo la copia de mis apps, y veo la carpeta desde cualquier exporador de archivos android.
Conecto por usb el movil al ordenador y no lo veo, da igual las veces que desconecte y conecte el movil, apague el pc o el movil, que sigo sin ver la carpeta
la he copiado a otras que accedo desde mi pc, y no la veo tampoco, ahora estoy pasandomela por AIRDROID
a ver si lo podemos resolver.
garcias!