Hola!
Lo mejor para lo que tu necesitas es el Wugfresh Nexus Toolkit, en un par de clicks, tienes el móvil limpio, con rom stock, y con opción a root y twrp.
(Lo que haces con el programa, es instalar la rom de fábrica, pero te hace un borrado de TODO lo que lleva el móvil, fotos, archivos temporales, descargas, etc. sin tocar la efs.)
Te dejo el link:
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1766475