La opción de decodificación por software es normal que consuma más porque aumenta el uso de CPU, mientras que con la decodificación por hardware se utilizan funciones específicas del SoC y se evita usar la CPU.
El problema con muchos vídeos es que el Note 3 no decodifica el audio si está en formato AC3. Realmente el hardware del Note creo que debería ser capaz de hacerlo, pero hay que pagar una licencia a Dolby y Samsung debe de haber prescindido de eso, así que la única forma de hacerlo es mediante software y utilizando la CPU.