Hola. Hola primero de todo es tener en cuenta que modificar el framework es lo mas delicado que se puede tocar en una rom junto con el Kernel. Si tienes tiempo y ganas, te recomiendo, viendo los problemas que tienes, es que hagas solo un cambio muy tonto (un icono por ejemplo), compiles, sustituyas el framework en el zip de la rom y hagas una instalacion limpia (si haciendo la instalacion limpia te falla, efectivamente es un error a la hora de decompilar o compilar).
Sigue estos pasos a pies juntillas: Instala Apktool, instala el framework apropiado para el apktool (en este caso 4.1.2 -Api 16-). Decompila, haz el cambio (minimo), compila como Apk de sistema (opcion 11). Cuando pregunte si quieres copiar los ficheros para retener las firmas, di que si (Y), despues el programa se pondra en pausa; sin tocar ninguna tecla, copia el contenido de la carpeta projects/Nombre de la APK/build/apk, dentro de la carpeta /Keep (ambas en la raiz de la carpeta desde donde ejecutas el ApkTool).
Una vez copiado el contenido, vuelve a la ventana de comandos y presiona cualquier tecla. Cuando termine y salga el menu de opciones, NO firmes la apk.
Asi no deberias tener ningun problema; cuando compruebes que te funciona ya puedes complicarte la vida cambiando cosas.