Lo primero seria saber si la app es la gratuita, la de pago comprada o alguna version medicada de la de pago para usar todas las opciones sin pasar por caja.
La ultima opcion cada uno la medica como puede o quiere y es facil que no deje actualizarla si la anterior no es del mismo que le medico o este cambio de metodo. Suele dar error de firmas, normalmente ni una original le puedes meter la medicada sin desinstalar esta primero.
Cuando desinstalas una app de forma normal esta automaticamente borra caches, datos y los archivos que tenia en la memoria interna dentro de /android/data. Si es tu caso olvidate que como no tengas una copia con titanium backup o similares no recuperas los tags ni de coņa. Aunque parece no ser tu caso por lo que comentas de que no has borrado la app.
Por otro lado tu otro problema puede ser o que la actualizacion tiene un bug que ya reparara el desarrollador con alguna version nueva en breve, si se le comunica este fallo, por que igual no se dio cuenta o solo pasa con ciertos telefonos, ROMs, kernel, MODs, etc... o que sea una app medicada para no pagarla y aunque deje instalar sin dar problemas de firmas no este todo lo medicada que deberia o el mismo crack cree un conflicto y alguna opcion quede parcialmente deshabilitada.