Hola
Tengo poca experiencia con el S4, pero creo que si tienes el contador de KNOX activo. Y eso te esta jodiendo con las actualizaciones. Que quizá no. Pero esto lo puedes mirar si entras en download mode.
Aquí tienes la referencia para leer
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=690370
Es possible que tengas el contador knox a 1 pero que en bootloader no se te esta marcando knox.
Si no me equivoco, es muy possible que apartir de ahora mejor actualizes tu manualmente el terminal.
Pero a ver si responde alguién con más experiencia.