Antes de hacer nada.... porque no pruebas a desinstalar la aplicacion de superusuario que tienes en el movil (entras en ajustes, administrador de aplicaciones, buscas la aplicacion y le das a desinstalar sin borrar datos ni cache) y descargarla otra vez desde la play store.
Ademas probaria con las 2 que hay, supersu y superuser.
Yo cuando actualice a 4.3 tuve ese problema, hice root y luego tuve que borrar desde el movil la app de supersu y volver a instalrla desde la play store para que me dejase actualizar los binarios