Compañeros el problema es el RECOVERY modificado actualizando via OTA, ya que el funcionamiento de la OTA es descargarse la imagen de la actualización, y reiniciar de forma especial para aplicar la actualización. Al reiniciar presupone que tienes recovery stock, y al tener recovery modificado entras en un bucle infinito.
Por tanto, el root no afecta en nada a la OTA, aunque lo normal es que lo pierdas.
Y si actualizas via flashtools o similar tampoco pasa nada.