Eso es porque tu tarjeta no es mayor de 2Gb. Siendo así se aconseja formatear a FAT (que es lo mismo que FAT16), de echo a mí el pc no me deja formatearla a FAT32.
Sin embargo para microSD de 4Gb o superior se aconseja a FAT32 y no tengo problema alguno para formatear mi Sandisc de 16Gb en el pc a FAT32. De echo, ya vienen de serie en ese formato tanto la de 2Gb como la de 16Gb.
En cuanto al tamaño de la unidad de asignación, creo que el ideal es el de 32Kb. A mayor tamaño, digamos que mayor velocidad, pero tambien se optimiza menos el espacio. Porque si un archivo pesa tan solo 1kb ocupara los 32Kb y perderemos 31... no se si me he explicado...
Si haces una busqueda en google encontrarás una explicación "mas científica"

