lo primero e importante, hay un hilo de link2sd... lo lógico (y que hace todo el mundo) es comentar el problema allí y no crear un hilo nuevo.
no creo q sean megas (mb) sino gigas (gb) jeje
si creas la partición es para ENLAZAR no para mover a la sd. si mueves van a la partición fat, si enlazas van a la partición ext
si tienes la partición ext montada y link2sd sigue teniendo permisos root (lo puedes comprobar en la app que uses de superusuario) debería funcionar. a lo mejor es que no notas la diferencia porque enlazas una app pequeña, prueba con una grande. además, link2sd indica cuando está enlazada (pone unas flechitas -> indicando el enlace), igual que indica cuando está movida a la sd (partición fat)
en último caso. borra los datos de link2sd, vuelve a abrir la app, acepta para que monte la partición ext, reinicia el tlf, comprueba que la partición está montada y enlaza un par de aplicaciones. si da problemas o no lo hace es que has hecho algo mal