Yo, alguna vez he desinstalado alguna aplicación que está en el sistema por adb así:
adb ls system/app (y buscamos el programa que queramos desinstalar) cuando lo localices.
Hacemos una copia de seguridad:
adb pull /system/app/la_apli_que_encuentres.apk (se copiara en el ordenador en la carpeta tools o la que tengamos)
Y luego la borramos del telefono:
adb shell rm /system/app/la_apli_que_encuentres.apk
Si luego la queremos volver a poner:
adb push la_apli_que_encuentres.apk /system/app
Aunque supongo que igual con el rootexplorer tambien se puede
